生成bigBed

By Hongjiang, Feb 27, 2022

UCSC官方文档

下载二进制程序

二进制程序已编译好，可以直接使用。

此程序仅支持Linux使用，UCSC同时提供MacOS版本。

wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bedToBigBed

赋予执行权限

chmod a+x bedToBigBed

下载基因组大小文件

bedToBigBed程序需要基因组大小文件作为参考，使用以下指令下载hg19参考文件。

wget https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/hg19.chrom.sizes

同理，使用以下指令下载hg38参考文件。

wget https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/hg38.chrom.sizes

运行程序

bedToBigBed程序需要输入三个变量，第一个是.bed文件地址，第二个是基因组参考文件.chrom.sizes地址，第三个是.bigBed(.bb)文件输出地址。

参考指令：

./bedToBigBed bedExample.bed hg19.chrom.sizes myBigBed.bb

注：.bed文件需要sort -k1,1 -k2,2n。

结果

运行程序如出现以下两个pass则说明.bb文件生成成功：

pass1 - making usageList (5 chroms): 7 millis
pass2 - checking and writing primary data (35763 records, 6 fields): 73 millis

会在你指定位置生成你指定名称的bigBed文件(.bb)。