clusterProfiler

ClusterProfiler是一个基于R的数据挖掘包。

bioconductor

Github

Manual

环境准备

在R语言环境中安装：

BiocManager::install("clusterProfiler")
BiocManager::install("pathview")
BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

使用时引用这些包：

library(clusterProfiler)
library(ggplot2)
library(org.Hs.eg.db)
library(enrichplot)
library(dplyr)

包的使用

GO分析

ego <- enrichGO(gene          = gene,
                OrgDb         = org.Hs.eg.db,
                ont           = "MF",
                pAdjustMethod = "BH",
                pvalueCutoff  = 1,
                qvalueCutoff  = 1,
                readable      = TRUE)

ont有三种:

• MF - Molecular Function

• CC - Cellular Component

• BP - Biological Process

gene只用保留为一个entrez id 的 list，不需要FC。