ChIA-PET

Updated by Hongjiang on 09/17/2022

[测序原理] ChIA-PET 除了位置关系，我还想知道更多！

Wikipedia ChIA-PET

Nature原始论文：

An oestrogen-receptor-α-bound human chromatin interactome

ChIA-PET（chromatin interaction analysis by paired-end tag sequencing） 于2009年被开发，是一种整合了免疫共沉淀（ChIP）, 染色质铰链（chromatin proximity ligation），双末端标签（Paired-End Tags）以及高通量测序研究基因组范围内染色质远程交互的技术。

整个流程大致分成8步：

1. 用甲醛交联DNA和蛋白，目的是让可能存在相互影响的DNA片段连接；

2. 用超声等方法将DNA片段化；

3. 用特异性蛋白抗体富集DNA和蛋白复合物；

4. 在DNA片段末端加上包含MmeI位点的生物素化寡核苷酸linker；

5. 连接linker，从而形成连接目的DNA片段的桥梁；

6. 用限制性内切酶消化得到DNA片段，去除蛋白质；

7. 固定化PET序列；

8. 上机测序。