WGCNA
Weighted correlation network analysis(WGCNA),即加权相关性网络分析。是用来揭示多组测序数据之间的相关性,寻找共表达网络,确定性状关联基因的重要工具。
具体而言,WGCNA也可以分为上游分析和下游分析两部分。上游分析的主要目的是使用表达矩阵构建TOM矩阵;下游分析的目的是基于TOM矩阵进行个性化分析。
TOM矩阵:Topological Overlap Matrix 拓扑重叠矩阵
上游分析
导入表达矩阵
不可以直接导入全基因表达矩阵,这对于WGCNA而言太多了。
WGCNA一般要求至少5组样品(15个数据),总基因数<3900。